而且，崇祯一朝中 ， 被杀的大臣也颇多 。总共十七年间，被杀的大学士有两人 ， 被谴戍的大学士也有两人 ， 即钱龙锡、刘鸿训 。作为皇帝最亲信的大臣 ， 内阁大学士轻易落到这样的下场 ， 实在令大臣们寒心 。孟森说："自有阁辅以来，戮死者惟一夏言 。崇祯间则再见，岂复有敬大臣之意?"在六部尚书中，刑部尚书换了十七人;然而 ， 十七人中，薛贞被处死 ， 韩继思、郑三俊、刘之凤、李觉斯、徐石麒等先后下狱 ， 狱中瘐死2人，大部分人都不得善终 。兵部尚书中，王洽因崇祯二年清兵入关而下狱瘐死，陈新甲因泄漏议和之事而被处死 。在地方督抚中，总督中被诛者七人：郑崇俭、袁崇焕、刘策、杨一鹏、熊文灿、范志完、赵光忭;巡抚被戮者十一人：蓟镇王应豸、山西耿如杞、宣府李养冲、登莱孙元化、大同张翼明、顺天陈祖苞、保定张其平、山东颜继祖、四川邵捷春、永平马成名、顺天潘永图，另外还有河南巡抚李仙凤被逮自杀 。
这些大臣，都是应对辽东战事和平息农民起义的将领，在对清作战和镇压农民起义中 ， 稍有失误，即被崇祯帝免官下狱，以至处死 。《明史·流贼传序》说崇祯“败一方即戮一将，隳一城即杀一吏 。责罚太明而至于不能罚 ， 制驭过严而至于不能制 。”明军屡战屡败 ， 军中将领或战死或被处死 。用兵日多，而善战的将领日少 。崇祯帝末年，文臣武将几乎杀逐殆尽 。

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