顺治十六年（1659年）正月，清军攻陷昆明，云南平定 。洪承畴上疏说，云南地方险远，少数民族众多，不易治理，要留兵驻镇，于是顺治以吴三桂为平西王留驻昆明 。他又看到云贵地区地瘠民苦，疏请发内帑赈济贫民，建议暂缓向逃亡缅甸的桂王余部进军 ， 使战乱之后的云贵地区的社会秩序渐趋安定，生产开始恢复 。八月，洪承畴因年老体衰、目疾加剧，请求回京；翌年正月，奉旨解任回京调理 。
顺治十八年（1661年）正月，顺治帝驾崩，子玄烨（康熙）嗣位 。这时洪承畴业已69岁，仍任大学士 ， 却感孤独，于五月疏乞休致 。朝廷几经争论，议政王大臣会议才授以三等阿达哈哈番（轻车都尉）世职，世袭四世 。
康熙四年（1665年）二月十八日，洪承畴卒于京师私邸，享年七十三岁，清廷恩赐祭奠如制，谥文襄 。

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